После событий «Истории восстания» Хомура Акэми создаёт новый мир, в котором ей удалось вернуть Мадоку и изменить привычный порядок вещей. Теперь Хомура существует как демон и наблюдает за жизнью волшебниц, считая, что всё находится под её контролем. Однако в городе начинают происходить странные события: появляется девушка, которая охотится на чудовищ без Камня души, а слухи обещают исполнение желаний тем, кто готов сражаться с проклятиями. Вскоре возвращается и Вальпургиева ночь, а вместе с ней появляются новые волшебницы, открыто выступающие против Хомуры. Созданная ею реальность оказывается перед новым потрясением.